如何更好地整合各種組學數(shù)據(jù)仍然是生物界面臨的重大挑戰(zhàn)，有時還面臨不完善的實驗設計和不同實驗平臺數(shù)據(jù)的整合。常用的方法有代謝途徑水平分析、生物網(wǎng)絡分析、經(jīng)驗相關分析等。有些軟件或網(wǎng)站提供整合多個組學數(shù)據(jù)的即用型分析。例如，代謝途徑富集分析包括：IMPaLA網(wǎng)站，使用來自11個數(shù)據(jù)庫的3000多個代謝途徑的信息，可用于整合多個組學分析；另外還有iPEAP軟件、MetaboAnalyst網(wǎng)站等，可以提供代謝途徑富集分析。提供生物網(wǎng)絡分析包括：SAMNetWeb網(wǎng)站、可提供腹肌通路分析以及轉錄組和蛋白質組的網(wǎng)絡分析； pwOmics包，是一個R軟件包，可以根據(jù)隨時間變化的轉錄組和蛋白質組信息構建網(wǎng)絡；類似的軟件還有MetaMapR（R包，帶用戶界面）、MetScape（Cytoscape插件）、Grinn（R包）等。可以進行經(jīng)驗相關性分析：WGCNA（R軟件包），可以基于相關性和網(wǎng)絡拓撲來整合和分析多種組學數(shù)據(jù)；其他 R 軟件包包括 MixOmic、DiffCorr、qpgraph 和巨大。類似的軟件還有MetaMapR（R包，帶用戶界面）、MetScape（Cytoscape插件）、Grinn（R包）等。可以進行經(jīng)驗相關性分析：WGCNA（R軟件包），可以基于相關性和網(wǎng)絡拓撲來整合和分析多種組學數(shù)據(jù)；其他 R 軟件包包括 MixOmic、DiffCorr、qpgraph 和巨大。類似的軟件還有MetaMapR（R包，帶用戶界面）、MetScape（Cytoscape插件）、Grinn（R包）等。可以進行經(jīng)驗相關性分析：WGCNA（R軟件包），可以基于相關性和網(wǎng)絡拓撲來整合和分析多種組學數(shù)據(jù)；其他 R 軟件包包括 MixOmic、DiffCorr、qpgraph 和巨大。